Útvar vedúceho hygienika rezortu je v priamej riadiacej pôsobnosti generálneho tajomníka služobného úradu a člení sa na:
Oddelenia oblastných hygienikov (OOH Bratislava, OOH Zvolen, OOH Žilina a OOH Košice), ktoré zabezpečujú výkon štátnej správy a štátneho zdravotného dozoru v oblasti
hygieny životného prostredia
hygieny výživy
preventívneho pracovného lekárstva
epidemiológie
Oddelenie radiačnej ochrany (►), ktoré zabezpečuje výkon štátnej správy a štátneho dozoru v oblasti radiačnej ochrany, a to najmä
pri preprave rádioaktívnych materiálov,
riešení mimoriadnych radiačných udalostí,
povoľovaní, registrovaní a evidovaní činností vedúcich k ožiareniu a služieb dôležitých z hľadiska radiačnej ochrany,
a v súvislosti s kozmickým žiarením.
Odbor špecializovaných činností, ktorý zabezpečuje výkon štátnej správy a štátneho zdravotného dozoru v oblasti
ochrany zdravia pri práci, hodnotenia vzťahov medzi prácou, pracovným prostredím, podmienkami práce a zdravím ľudí pri práci
expozície faktorom práce a pracovného prostredia
vydávania zdravotných preukazov na plavidlá
Organizačná štruktúra Útvaru vedúceho hygienika rezortu s platnosťou od 1. júna 2018: